nnSVG

DOI:10.18129 / B9.bioc.nnSVG

空间分辨转录组数据中空间可变基因的可扩展鉴定

Bioconductor版本:Release (3.15)

在空间分辨转录组数据中可扩展识别空间可变基因(SVGs)的方法。该方法基于最近邻高斯过程，采用BRISC算法进行模型拟合和参数估计。允许在组织切片上或协变量定义的空间域内识别和排序具有灵活长度尺度的svg。随着空间位置的数量线性扩展，可以应用于包含数千个或更多空间位置的数据集。

作者:卢卡斯·m·韦伯[aut, cre]，斯蒂芬妮·c·希克斯[作者]

维护人员:Lukas M. Weber < lukas.web.edu at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“nnSVG”)

超文本标记语言	R脚本	nnSVG教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，预处理，SingleCell，软件，空间，转录组
版本	1.0.4
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2)
进口	SpatialExperiment，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，BRISC，BiocParallel，矩阵，matrixStats,统计数据
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，STexampleData，食物，ggplot2，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/nnSVG
BugReports	https://github.com/lmweber/nnSVG/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	nnSVG_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	nnSVG_1.0.4.zip
macOS二进制文件(x86_64)	nnSVG_1.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nnSVG
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nnSVG
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/nnSVG/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档