omicsViewer

DOI:10.18129 / B9.bioc.omicsViewer

使用omicsViewer实现SummarizedExperssionSet或ExpressionSet的交互式和探索性可视化

Bioconductor版本:发行版(3.15)

omicsViewer以交互的方式可视化ExpressionSet(或summarizeexperiment)。omicsViewer有一个独立的后端和前端。在后端，用户需要准备一个ExpressionSet，它包含下游数据解释所需的所有信息。为了使前端能够清楚地识别所提供的信息，对表现型数据或特征数据的头部施加了一些额外的要求，同时对现有的ExpressionSet对象保持最小的修改。完全依赖于R/Bioconductor保证了后端统计分析的最大灵活性。一旦准备好了ExpressionSet，它就可以使用前端可视化，通过shiny和plotly实现。特征和样本都可以从(数据)表或图(散点图/热图)中选择。不同类型的分析，如富集分析(使用Bioconductor包fgsea或fisher’s exact测试)和STRING网络分析，将实时执行，结果同时可视化。当选择一个样本子集和一个表现型变量时，均值显著性检验(t检验或基于排序的检验;表型变量为定量时)或独立性检验(卡方检验或fisher确切检验; when phenotype data is categorical) will be performed to test the association between the phenotype of interest with the selected samples. Additionally, other analyses can be easily added as extra shiny modules. Therefore, omicsViewer will greatly facilitate data exploration, many different hypotheses can be explored in a short time without the need for knowledge of R. In addition, the resulting data could be easily shared using a shiny server. Otherwise, a standalone version of omicsViewer together with designated omics data could be easily created by integrating it with portable R, which can be shared with collaborators or submitted as supplementary data together with a manuscript.

作者:陈孟[aut, cre]

维护人员:Chen孟

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“omicsViewer”)

超文本标记语言	R脚本	quickStart.html
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		01输入数据介绍

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneSetEnrichment，MotifDiscovery，网络，NetworkEnrichment，软件，可视化
版本	1.0.1
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.2)
进口	survminer，生存，fastmatch，reshape2，stringr，beeswarmgrDevices,DT，闪亮的，shinythemes，shinyWidgets，情节，networkD3，httr，matrixStats，RColorBrewer，Biobase，fgsea，openxlsx，心理，shinybusy，ggseqlogo，htmlwidgets、图形、网格、统计、工具、方法、shinyjs，旋度，flatxml，ggplot2，S4Vectors，SummarizedExperiment，RSQLite，矩阵，shinycssloaders
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，unittest
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mengchen18/omicsViewer
BugReports	https://github.com/mengchen18/omicsViewer
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	omicsViewer_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	omicsViewer_1.0.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	omicsViewer_1.0.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/omicsViewer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/omicsViewer
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/omicsViewer/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档