pairkat

DOI:10.18129 / B9.bioc.pairkat

PaIRKAT

Bioconductor版本:发行版(3.16)

PaIRKAT是一个模型框架，用于评估代谢物网络(通路)和感兴趣的结果(表型)之间的统计关系。PaIRKAT查询KEGG数据库，以确定代谢物之间的相互作用，从中构建网络连接。该模型框架通过在核心机器回归设置中加入图形地形，提高了对高维数据的测试能力。对高维数据的研究很难包含变量之间的复杂关系。半参数核机器回归模型是捕获这些类型关系的强大工具。它们为测试感兴趣的结果和高维数据(如代谢组学、基因组学或蛋白质组学途径)之间的关系提供了一个框架。PaIRKAT通过将高维变量表示为“图”或“网络”的边来使用已知的高维变量之间的生物连接。“节点(例如代谢物)通常与图中的所有其他节点断开连接，无论是否包括图信息，这都会导致测试能力的显著下降。”我们包括一个图形正则化或“平滑”方法来管理这个问题。

作者:Charlie Carpenter [aut]， Cameron Severn [aut]， Max McGrath [cre, aut]

维护者:Max McGrath < Max。McGrath在ucdenver。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pairkat”)

超文本标记语言	R脚本	using-pairkat
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork，KEGG，代谢组学，网络，通路，回归，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	SummarizedExperiment，KEGGREST，igraph，data.table，方法，统计，magrittr，CompQuadForm，宠物猫
链接
建议	rmarkdown，knitr，BiocStyle，dplyr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Ghoshlab/pairkat/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	pairkat_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	pairkat_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	pairkat_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	pairkat_1.4.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pairkat
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pairkat
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/pairkat/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pairkat/
软件包下载报告	下载数据