pareg

DOI:10.18129 / B9.bioc.pareg

使用正则化回归方法的路径富集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

计算途径富集分数，同时考虑长期关系。该程序包使用正则化多元线性回归来回归从路径成员矩阵的多条件实验中得到的差分表达式p值。通过这样做，它能够将额外的生物学知识纳入到富集分析中，并更可靠地估计途径富集分数。

作者:Kim Philipp Jablonski [aut, cre]

维护者:Kim Philipp Jablonski < Kim . Philipp。Jablonski在gmail.com>上写道

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pareg")

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文档

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browseVignettes(“pareg”)

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细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,回归,软件,StatisticalMethod
版本	1.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)，tensorflow(> = 2.2.0),tfprobability(> = 0.10.0)
进口	统计数据,tidyr,purrr,furrr,宠物猫,胶水,tidygraph,igraph,代理,dplyr,magrittr,ggplot2,ggraph,rlang,进步,矩阵,matrixLaplacian,keras,nloptr,shadowtext、方法、剂量,stringr,网状
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat(> =魅惑,BiocStyle,formatR,devtools,plotROC,PRROC,mgsa,topGO,msigdbr,betareg,fgsea,ComplexHeatmap,GGally,ggsignif,circlize,enrichplot,ggnewscale,tidyverse,cowplot,ggfittext
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/pareg
BugReports	https://github.com/cbg-ethz/pareg/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	pareg_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	pareg_1.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pareg
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pareg
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pareg/
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