protGear

DOI:10.18129 / B9.bioc.protGear

蛋白质微阵列数据管理与交互可视化

Bioconductor版本:发行版(3.15)

蛋白质微阵列数据的通用三步预处理包。这个包包含不同的数据预处理程序，以便比较它们的性能。这些步骤是背景校正、基于变异系数(CV)的滤波、批量校正和归一化。

作者:肯尼迪·姆瓦伊[cre, aut]，詹姆斯·姆布鲁[aut]，杰奎琳·韦尼[ctb]

维护人员:Kennedy Mwai

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("protGear")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“protGear”)

超文本标记语言	R脚本	protGear
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文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，贝叶斯，BiomedicalInformatics，聚类，ImmunoOncology，微阵列，归一化，OneChannel，预处理，蛋白质组学，回归，软件，SystemsBiology
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2),dplyr(> = 0.8.0),limma(> = 3.40.2),vsn(> = 3.54.0)
进口	magrittr(>= 1.5)， stats (>= 3.6)，ggplot2(> = 3.3.0),tidyr(> = 1.1.3),data.table(> = 1.14.0),ggpubr(> = 0.4.0),gtools(> = 3.8.2),宠物猫(> = 3.1.0),rmarkdown(> = 2.9),knitr(>= 1.33)， utils (>= 3.6)，genefilter(> = 1.74.0),readr(> = 2.0.1),Biobase(> = 2.52.0),plyr(> = 1.8.6),肯德尔(> = 2.2),闪亮的(> = 1.0.0),purrr(> = 0.3.4),情节(> = 4.9.0),质量(> = 7.3),htmltools(> = 0.4.0),flexdashboard(> = 0.5.2),shinydashboard(> =是0.7.1),kableExtra(> = 1.3.4),GGally(> = 2.1.2),pheatmap(>= 1.0.12)，网格(>= 4.1.1)，斯泰勒(> = 1.6.1),factoextra(> = 1.0.7),FactoMineR(> = 2.4),rlang(> = 0.4.11),遥控器(> =测试盒框)
链接
建议	gridExtra(> = 2.3),png(> = 0.1 7),魔法(> = 2.7.3),ggplotify(> = 0.1.0),尺度(> = 1.1.1),shinythemes(> = 1.2.0),shinyjs(> = 2.0.0),shinyWidgets(> = 0.6.2),shinycssloaders(> = 1.0.0),shinyalert(> = 3.0.0),shinyFiles(> = 0.9.1),shinyFeedback(> = 0.3.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Keniajin/protGear
BugReports	https://github.com/Keniajin/protGear/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	protGear_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	protGear_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	protGear_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/protGear
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ protGear
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/protGear/
包下载报告	下载数据