重新计票

DOI:10.18129 / B9.bioc.recount

从重新计票项目中探索和下载数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/上可以查看和下载重新计票项目的数据。使用重新计数包，您可以下载基因，外显子或外显子-外显子连接水平的rangedsummarizeexperimental对象，原始计数，所使用的表型元数据，特定研究的样本覆盖率bigWig文件或平均覆盖率bigWig文件的url。rangedsummarizeexperiment对象可以被不同的包用于执行差异表达式分析。使用//www.andersvercelli.com/packages/derfinder，您可以使用来自重新计数项目的数据执行与注释无关的差异表达式分析，如http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html所述。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]、阿比纳夫·内洛尔[ctb]，安德鲁·e·杰夫[ctb]，玛格丽特·a·陶博[ctb]，凯·卡默斯[ctb]，香农·e·埃利斯[ctb]，卡斯珀·丹尼尔·汉森[ctb]，本·朗米德[ctb]， Jeffrey T. Leek [aut, ths]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“讲述”)

超文本标记语言	R脚本	基本的DESeq2结果探索
超文本标记语言	R脚本	重新计票快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，SummarizedExperiment
进口	BiocParallel，derfinder，下载器，GEOquery，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges、方法、RCurl，rentrez，rtracklayer(> = 1.35.3),S4Vectors，统计，效用
链接
建议	AnnotationDbi，BiocManager，BiocStyle(> = 2.5.19),DESeq2，sessioninfo，EnsDb.Hsapiens.v79，GenomicFeatures，knitr(> = 1.6),org.Hs.eg.db，RefManageR，regionReport(> = 1.9.4),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> =魅惑,covr，pheatmap，DT，刨边机，ggplot2，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/leekgroup/recount
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recount/
全靠我
进口我	psichomics，recountWorkflow，RNAAgeCalc，RnaSeqSampleSize
建议我	dasper，奥得河，recount3
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	recount_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	recount_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	recount_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	recount_1.24.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ reload
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/recount/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/recount/
软件包下载报告	下载数据