recount3

DOI:10.18129 / B9.bioc.recount3

探索从recount3项目和下载数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

recount3包可以访问大量的统一处理RNA-seq来自人类和小鼠的数据。你可以下载RangedSummarizedExperiment对象在基因外显子或exon-exon连接水平与元数据和样品质量控制统计数据。除了我们提供的样本覆盖有重大影响的文件。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre)

维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“recount3”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“recount3”)

HTML	R脚本	recount3快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperiment
进口	BiocFileCache、方法、rtracklayer,S4Vectors跑龙套,RCurl,data.table,R.utils,矩阵,GenomicRanges,sessioninfo、工具
链接
建议	BiocStyle,covr,knitcitations,knitr,RefManageR,rmarkdown,testthat,pryr,interactiveDisplayBase,重新计票
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/recount3
BugReports	https://github.com/LieberInstitute/recount3/issues
取决于我
进口我
建议我	RNAseqQC
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	recount3_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	recount3_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64)	recount3_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64)	recount3_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount3
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ recount3
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/recount3/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/recount3/
包下载报告	下载数据