amaretto

doi：10.18129/b9.bioc.amaretto

使用综合多词分析和惩罚回归的监管网络推断和驱动器基因评估

生物导体版本：版本（3.15）

整合越来越多的可用多摩s癌数据仍然是提高我们对癌症理解的主要挑战之一。主要挑战之一是使用多摩管数据来识别新型的癌症驱动基因。我们已经开发了一种称为Amaretto的算法，该算法集成了拷贝数，DNA甲基化和基因表达数据，以通过分析癌症样品并将其连接到共表达基因的簇，以识别一组驱动基因，我们将其定义为模块。我们在Pancancer环境中应用Amaretto，以鉴定多个癌症部位的癌症驱动基因及其模块。Amaretto捕获了富含血管生成，细胞周期和EMT的模块，并准确预测生存和分子亚型的模块。这使Amaretto能够鉴定出指导规范癌症途径的新型癌症驱动基因。

作者：Jayendra Shinde，Celine Everaert，Shaimaa Bakr，Mohsen Nabian，Jishu Xu，Vincent Carey，Nathalie Pochet和Olivier Gevaert

维护者：gmail.com上的Olivier Gevaert

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ amaretto”）

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文档

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细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	Apache许可证（== 2.0） +文件执照
要看	r（> = 3.6），算，，，，多帕尔，grdevices，dplyr， 方法，复杂的图像
进口	callr（> = 3.0.0.9001），矩阵，，，，RCPP，，，，Biocfilecache，，，，DT，，，，多亚sayExexperiment，，，，循环，，，，策展，，，，foreach，，，，Glmnet，，，，httr，，，，林玛，，，，矩阵，，，，readr，，，，RESHAPE2，，，，蒂布尔，，，，rmarkDown，图形，网格，并行，统计，尼特，，，，GGPLOT2，，，，栅格，UTILS
链接	RCPP
建议	测试，，，，大量的，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

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源包	amaretto_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	amaretto_1.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	amaretto_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amaretto
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/amaretto
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/amaretto/
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