AUCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.AUCell

AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如，识别具有特定基因特征的细胞)

生物导体版本:发布(3.12)

AUCell允许在单细胞RNA-seq数据中识别具有活性基因集的细胞(例如，签名、基因模块等)。AUCell使用“曲线下面积”(Area Under the Curve, AUC)计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。AUC分数在所有细胞中的分布允许探索签名的相对表达。由于评分方法是基于排序的，AUCell独立于基因表达单位和归一化程序。此外，由于单元格是单独计算的，它可以很容易地应用于更大的数据集，如果需要的话，可以对表达式矩阵进行子集化。

作者:Sara Aibar, Stein Aerts。计算生物学实验室。鲁汶脑与疾病研究中心。比利时鲁汶。

维护人员:Sara Aibar < Sara。在kuleuven.vib.be aibar >

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超文本标记语言	R脚本	鉴别具有活性基因集的细胞
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	data.table、图形、grDevicesGSEABase、方法、mixtools,R.utils,闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,BiocGenerics,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	Biobase,BiocStyle,doSNOW,dynamicTreeCut,DT,GEOquery,knitr,NMF,plyr,R2HTML,rmarkdown,reshape2,情节,rbokeh,devtools,Rtsne,tsne,testthat,动物园
SystemRequirements
增强了	doMC,doRNG,doParallel,foreach
URL	http://scenic.aertslab.org
取决于我
进口我	RcisTarget
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	AUCell_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	AUCell_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	AUCell_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AUCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AUCell
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AUCell/
包下载报告	下载数据