Basic4Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.Basic4Cseq

Basic4Cseq:一个R/Bioconductor软件包，用于分析4C-seq数据

生物导体版本:发布(3.13)

Basic4Cseq是一个R/Bioconductor软件包，用于4C-seq数据的基本过滤、分析和随后的可视化。虚拟片段库可以为任何BSGenome包创建，并包含读取和片段的过滤功能和基本的质量控制。实验视点附近的片段数据可以可视化为基于运行中值方法和多尺度接触剖面的覆盖图。

作者:卡罗琳沃尔特

维护者:卡洛琳·沃尔特<卡洛琳。沃尔特在uni-muenster.de >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("Basic4Cseq")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Basic4Cseq”)

PDF	R脚本	Basic4Cseq:用于4C-seq数据分析的R/Bioconductor软件包
PDF		参考手册

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.4),Biostrings，GenomicAlignments，caTools，GenomicRanges， grDevices, graphics, stats, utils
进口	方法,RCircos，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	Basic4Cseq_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	Basic4Cseq_1.28.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Basic4Cseq_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Basic4Cseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Basic4Cseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Basic4Cseq/
包下载报告	下载数据