BGEECALL

doi：10.18129/b9.bioc.bgeecall

自动RNA-seq存在/缺乏基因表达呼叫发电

生物导体版本：版本（3.13）

BgeeCall允许在不使用TPM <1（例如TPM <1）的情况下生成当前/缺失基因表达调用。呼叫是基于参考基因间序列生成的。这些序列是根据BGEE（https://bgee.org）中每个物种的所有RNA-Seq库的表达生成的。

作者：Julien Wollbrett [AUT，CRE]，Sara Fonseca Costa [aut]，Julien Roux [aut]，Marc Robinson Rechavi [CTB]，Frederic Bastian [aut]

维护者：朱利安·沃尔布雷特（Julien Wollbrett）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bgeecall”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ bgeecall”）

html	R脚本	自动RNA-seq存在/缺乏基因表达呼叫发电
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6）
进口	GenomicFeatures，，，，tximport，，，，生物弦，，，，rtracklayer，，，，Biomart，，，，jsonlite， 方法，dplyr，，，，Data.Table，，，，sjmisc，grdevices，图形，统计，utils，rslurm，，，，RHDF5
链接
建议	尼特，，，，测试，，，，rmarkDown，，，，AnnotationHub，，，，httr
系统要求	卡利斯托
增强
URL	https://github.com/bgeedb/bgeecall
BugReports	https://github.com/bgeedb/bgeecall/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bgeecall_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	bgeecall_1.8.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	bgeecall_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bgeecall
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bgeecall
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/bgeecall/
软件包下载报告	下载统计