Bioqc.

DOI:10.18129 / b9.bioc.bioqc

用基因套检测表达谱中的组织异质性

Biocometiond版本:释放(3.12)

BioQC基于组织基因签名进行高通量表达数据的质量控制。它可以检测基因表达数据中的组织异质性。核心算法是一种用于高性能优化的Wilcoxon-Mann-Whitney测试。

作者:Jitao David Zhang ,Laura Badi,Gregor Sturm,Roland AMBS

维护者:jitao david zhang

引文(从R内,输入引文(“BioQC”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

if(!percenamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“bioqc”)

对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放

文件

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BROWSEVIGNETTES(“BIOQC”)

HTML. r script. Bioqc alogrithm:加快Wilcoxon-Mann-Whitney测试
HTML. r script. Bioqc:检测基因表达数据中的组织异质性
HTML. r script. 使用BioQC与签名的基因
PDF. 参考手册
文本 消息

细节

Biocviews. 2021年欧洲杯 2021年欧洲杯 2021年欧洲杯 2021年欧洲杯 2021年欧洲杯
版本 1.18.0
在生物导体中以来 BIOC 3.3(R-3.3)(4.5岁)
执照 GPL(> = 3)
依靠 BioBase.
进口 edger.rcpp.,方法,统计数据,utils
链接到 rcpp.
建议 testthat.knRAMAMAMDOW.格子latticeextra.rbenchmark.贡献格拉底org.hs.eg.db.Ineq.Covr.
系统要求
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包档案包

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源包 bioqc_1.18.0.tar.gz.
Windows二进制文件 bioqc_1.18.0.zip.
Macos 10.13(高塞拉) bioqc_1.18.0.tgz.
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/bioqc.
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.biocondudard.org:包/ Bioqc
包短网址 https://biocumon.org/packages/bioqc/
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