bitseq

doi：10.18129/b9.bioc.bitseq

RNA-seq数据的转录本表达推断和差异表达分析

生物导体版本：版本（3.12）

BITSEQ软件包是针对转录本表达分析和在两个阶段过程中对RNA-Seq数据的差异表达分析的目标。在第一阶段，它使用贝叶斯推理方法来从单个RNA-Seq实验中推断单个转录本的表达。BITSEQ的第二阶段包含转录本表达的差异表达分析。从多个条件的重复物中提供表达估计值，估计值的对数正态模型用于推断条件平均转录本表达式，并根据差分表达的可能性对转录本进行排名。

作者：Peter Glaus，Antti Honkela和Magnus Rattray

维护者：antti honkela ，panagiotis papastamoulis

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bitseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ bitseq”）

PDF	R脚本	BITSEQ用户指南
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.34.0
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（9年）
执照	Artistic-2.0 +文件执照
要看	rsamtools（> = 1.99.3）
进口	S4VECTORS，，，，iranges
链接	Rhtslib（> = 1.15.5）
建议	EDGER，，，，deseq，，，，生物使用
系统要求	gnu做
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bitseq_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	bitseq_1.34.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	bitseq_1.34.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bitseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bitseq
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/bitseq/
软件包下载报告	下载统计