CNVRanger

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVRanger

CNV范围的总结和表达/表型关联

生物导体版本:发布(3.12)

CNVRanger软件包实现了一个全面的CNV分析工具套件。这包括在人群中总结单个CNV调用的功能，评估与功能基因组区域的重叠，以及与基因表达和定量表型的关联分析。

作者:Ludwig Geistlinger[法语]，Vinicius Henrique da Silva[法语]，Marcel Ramos[法语]，Levi Waldron[法语]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	CNV范围概述及数量性状分析
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.6.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (R-3.6)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRanges，RaggedExperiment
进口	BiocGenerics，BiocParallel，GDSArray，GenomeInfoDb，IRanges，S4Vectors，SNPRelate，SummarizedExperiment，data.table，刨边机，gdsfmtgrDevices,晶格，limma、方法、plyr，qqman，rappdirs，reshape2统计,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6.masked，BiocStyle，ComplexHeatmap，Gviz，MultiAssayExperiment，TCGAutils，curatedTCGAData，ensembldb、网格knitr，地区，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/CNVRanger/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CNVRanger_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	CNVRanger_1.6.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CNVRanger_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVRanger
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVRanger
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNVRanger/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档