可可

doi：10.18129/b9.bioc.cocoa

协调协方差分析

生物导体版本：版本（3.13）

可可是一种理解样品中表观遗传变异的方法。可可可以与包括基因组坐标和表观遗传信号（例如DNA甲基化和染色质访问性数据）一起使用的表观遗传学数据。为了在高级别上描述该方法，可可用监督或不监督的技术量化样本间的变化，然后使用“区域集”的数据库来注释样品之间的变化。区域集是一组基因组区域，共有生物学注释，例如转录因子（TF）结合区域，组蛋白修饰区域或开放染色质区域。可可可以识别与样品之间表观遗传变化相关的区域集，并增加对数据变化的理解。

作者：John Lawson [AUT，CRE]，Nathan Sheffield [aut]（http://www.databio.org），Jason Smith [CTB]

维护者：约翰·劳森（John Lawson）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cocoa”）

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文档

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细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	2.6.0
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5），基因组机
进口	生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，Data.Table，，，，GGPLOT2，，，，生物酶，统计，方法，复杂的图像，，，，米拉，，，，花花公子，网格，grdevices，SimpleCache，，，，fitdistrplus
链接
建议	尼特， 平行，测试，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，AnnotationHub，，，，萝拉
系统要求
增强
URL	http://code.databio.org/cocoa/
BugReports	https://github.com/databio/cocoa
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包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Cocoa_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	可可_2.6.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Cocoa_2.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cocoa
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/可可
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cocoa/
软件包下载报告	下载统计