法典

doi：10.18129/b9.bioc.codex

整个外显子组测序的归一化和拷贝数变化检测方法

生物导体版本：版本（3.13）

整个外显子DNA测序数据的归一化和拷贝数变化过程。法典依赖于使用相同的测序管道进行正常化处理的多个样品的可用性，并且不需要匹配的控件。法典中的归一化模型包括由于GC含量，外显子长度，靶向和放大效率以及潜在的全身性伪影而专门消除偏差的术语。法典还包括一个基于泊松的递归分割过程，该过程明确地对基于计数的外显子组测序数据进行了建模。

作者：Yuchao Jiang，Nancy R. Zhang

维护者：yuchao jiang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ codex”）

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文档

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browsevignettes（“ codex”）

PDF	R脚本	使用Codex
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文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.24.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（6年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.2.3），rsamtools，，，，GenomeInfodB，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，iranges，，，，生物弦，，，，S4VECTORS
进口
链接
建议	wes.1kg.wugsc
系统要求
增强
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取决于我	ICNV
进口我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	codex_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	codex_1.24.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	codex_1.24.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/codex
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/codex
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/codex/
软件包下载报告	下载统计