CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

分支轨迹的重建、可视化和分析

Bioconductor版本:发行版(3.15)

CellTrails是一种无监督算法，用于单细胞表达数据的从头时间排序、可视化和分析。CellTrails利用几何驱动的低维流形学习概念，它显示出许多优点，可以抵消由退出、技术差异和预测变量的冗余引起的单单元数据的固有噪声。CellTrails支持分支轨迹的重建，并同时提供沿所有分支的表达模式的直观图形表示。它允许用户定义和推断通向不同表现型的个体和多个途径的表达动态。

作者:Daniel Ellwanger [aut, cre, cph]

维护人员:Daniel Ellwanger

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CellTrails")

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文档

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browseVignettes(“CellTrails”)

PDF	R脚本	细胞轨迹:从单细胞表达数据中重建、可视化和分析分支轨迹
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.14.0
在Bioconductor公司	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，SingleCellExperiment
进口	BiocGenerics，Biobase，cba，dendextend，dtw，EnvStats，ggplot2，ggrepelgrDevices,igraph，maptree、方法、mgcv，reshape2，Rtsne，统计，样条，SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi，命运，RUnit，嘘，食物，knitr，org.Mm.eg.db，rmarkdown
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CellTrails_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	CellTrails_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CellTrails_1.14.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellTrails
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CellTrails/
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