窖藏

doi：10.18129/b9.bioc.cellararepertorium

单细胞免疫受体库（Scrnaseq Repseq/airr-Seq）的数据结构，聚类和测试

生物导体版本：版本（3.13）

聚集和分析高通量单细胞免疫细胞库的方法，尤其是从10倍基因组学VDJ溶液中。包含与CD-HIT的R接口（Li and Godzik 2006）。可视化和分析配对的重型链数据的方法。测试特定扩展以及在高几幅模型下的综合寡聚性测试。

作者：Andrew McDavid [AUT，CRE]，Yu Gu [aut]，Erik Vonkaenel [aut]，Thomas Lin Pedersen [CTB]

维护者：Andrew McDavid

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cellarepertorium”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“窖藏”）

html	R脚本	窖藏介绍
html	R脚本	曲目CDR3序列的聚类和差异使用
html	R脚本	将曲目与表达与单链体验相结合
html	R脚本	基于UMI的曲目数据的质量控制和探索
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文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0）
进口	dplyr，，，，蒂布尔，，，，Stringr，，，，生物弦，，，，RCPP，，，，RESHAPE2， 方法，rlang（> = 0.3），purrr，，，，矩阵，，，，S4VECTORS，，，，生物基因，，，，花花公子，，，，福卡，，，，进步，统计，utils
链接	RCPP
建议	测试，，，，readr，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，GGPLOT2，，，，生物使用，，，，ggdendro，，，，扫帚，，，，LME4，，，，rcolorbrewer，，，，Singlecellexperiment，，，，评分，，，，扫帚，，，，牛仔图
系统要求
增强
URL	https://github.com/amcdavid/cellarepertorium
BugReports	https://github.com/amcdavid/cellarepertorium/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	CellarePertorium_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	CellarePertorium_1.2.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	CellarePertorium_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellarepertorium
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/窖藏
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cellararepertorium/
软件包下载报告	下载统计