冠军

DOI：10.18129 / b9.bioc.champ.

Illumina人甲基化450和史诗的碎片分析甲基化管道

Biocometiond版本：释放（3.12）

该包包括质量控制度量，各种归一化方法和新的方法，用于识别差分甲基化区域并突出显示拷贝数改变。

作者：袁天[CRE，AUT]，Tiffany Morris [CTB]，Lee Stirling [CTB]，Andrew Feater [CTB]，Andrew Teschendorff [CTB]，Ankur Chakravarthy [CTB]

维护者：元天

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percenameSpace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“Champ”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	CHAMP：芯片分析甲基化管道
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.20.1
在生物导体中以来	BIOC 2.13（R-3.0）（7.5岁）
执照	GPL-3
依靠	r（> = 3.3），Minfi.那Champdata.（> = 2.6.0），dmrcate.那Illumina450probobevariants.db.那IlluminahumanMethationPicmanifest.那DT.那rpmm.
进口	prettydoc.那HMISC.那全球化境那SVA.那Illuminaio那RAMAMAMDOW.那Illuminahumanmethylation450kmanifest.那illuminahumanmethylationepicanno.ilm10b4.hg19.那林马那dnacopy.那预处理核那赋予那马拉莱那西瓜那普利尔那Goseq.那MissMethyl.那kpmt.那ggplot2.那Genomicranges.那QValue.那ISVA.那多达齐全那Bumphunter.那Quadprog.那闪亮的那Shinythemes.那情节（> = 4.5.6），rcolorbrewer.那dendextend.那MatrixStats.那COMBINAT.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.
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包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	Champ_2.20.1.tar.gz.
Windows二进制文件	Champ_2.20.1.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	CHAMP_2.20.1.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/champ.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/冠军
包短网址	https://biocumon.org/packages/champ//
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包	源档案