chipseqspike

doi：10.18129/b9.bioc.chipseqspike

这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。

根据尖峰控制

生物导体版本：版本（3.13）

染色质免疫沉淀，然后进行测序（CHIP-SEQ）来确定任何感兴趣的蛋白质的结合位点，例如在基因组尺度下具有或没有特定修饰的转录因子或组蛋白。该协议的许多步骤都会引入偏见，使芯片seq比定量更具定性。例如，显示出传统的下游数据归一化技术不会捕获全局组蛋白的修饰差异。一项案例研究报告说，在EZH2抑制剂处理后，组蛋白H3赖氨酸-27三甲基（H3K27ME3）没有差异。为了解决这个问题，使用外部尖峰控制来跟踪条件之间的技术偏见。在协议期间，插入了来自不同非偶然物种的外源DNA，以推断能够准确归一化的缩放因子，从而揭示了抑制剂效应。Chipseqspike提供了用于芯片式Spike-In标准化的工具。准备使用缩放的Bigwig文件和缩放因子值作为输出获得。Chipseqspike还通过多功能图形功能收集了Chip-Seq-Spike-In评估和分析的工具。

作者：尼古拉斯·萨科斯特斯

维护者：nicolas descostes

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ chipseqspike”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（3年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.5），rtracklayer（> = 1.37.6）
进口	工具，Stringr，，，，rsamtools，，，，基因组机，，，，iranges，，，，seqplots，，，，GGPLOT2，，，，LSD，，，，Corrplot，方法，统计，grdevices，图形，utils，生物基因，，，，S4VECTORS
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包
Windows二进制	chipseqspike_1.12.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseqspike
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/chipseqspike
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/chipseqspike/
软件包下载报告	下载统计