ChIPXpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPXpress

ChIPXpress:利用公开的基因表达谱,从ChIP-seq和ChIP-chip数据中识别转录因子靶基因

Bioconductor版本:发行版(3.13)

ChIPXpress将从ChIPx数据中预测的TF结合基因作为输入,并使用从NCBI GEO下载的相应基因表达谱数据库对TF结合靶点按最有可能是功能TF靶点的基因排序。

作者:George Wu

维护人员:George Wu

引文(从R内,输入引用(“ChIPXpress”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ChIPXpress")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPXpress”)

PDF R脚本 ChIPXpress
PDF 参考手册

细节

biocViews 2021年欧洲杯 2021年欧洲杯 2021年欧洲杯
版本 1.36.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 2.10),ChIPXpressData
进口 BiobaseGEOqueryfrmaaffybigmemorybiganalytics
链接
建议 mouse4302frmavecsmouse4302.dbmouse4302cdfRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
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建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 ChIPXpress_1.36.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) ChIPXpress_1.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPXpress
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPXpress
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/ChIPXpress/
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