ChIPanalyser

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPanalyser

芯片分析仪:预测转录因子结合位点

Bioconductor版本:发行版(3.13)

基于统计热力学框架，chipanalyzer尝试生成ChIP-seq类剖面。该模型依赖于四个考虑因素:可以使用位置权重矩阵对TF结合位点进行评分，DNA可达性在转录因子结合中发挥作用，结合曲线依赖于与DNA结合的转录因子的数量，最后结合能(描述PWM的另一种方式)或结合特异性应被调制(因此引入了结合特异性调制器)。chipanalyzer的最终结果是生成模拟真实ChIP-seq剖面的剖面，并在与真实ChIP-seq数据进行比较后提供这些预测剖面的精度测量。最终的目标是产生ChIP-seq类的配置文件，预测ChIP-seq类的配置文件，以避免产生昂贵的ChIP-seq实验的需要。

作者:Patrick C.N.Martin & Nicolae Radu Zabet

维护人员:Patrick C.N. Martin

安装

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" chipanalyzer ")

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文档

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browseVignettes(“ChIPanalyser”)

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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),GenomicRanges，Biostrings，BSgenome，RcppRoll、并行
进口	方法,IRanges，S4Vectors， grDevices，图形，统计，效用，rtracklayer，ROCR，BiocManager，GenomeInfoDb
链接
建议	BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPanalyser_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPanalyser_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPanalyser_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPanalyser
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPanalyser
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPanalyser/
包下载报告	下载数据