Chippeakanno.

DOI：10.18129 / b9.bioc.chippeakanno

批量注释芯片SEQ，芯片芯片实验或任何实验中识别的峰导致大量染色体范围

Biocometiond版本：释放（3.12）

该包装包括用于检索峰周围的序列，获得富集的基因本体（GO）术语，找到最接近的基因，外显子，miRNA或定制特征，例如用户提供的大多数保守的元素和其他转录因子结合位点。开始2.0.5，已经添加了新功能，用于查找具有汇总统计（Peaksnearbdp）的双向启动子的峰值，总结了峰值（汇总呼吸群岛）中的图案的发生，并将其他ID添加到注释峰或饲料中（addgeneids）。该包装利用生物雕，绞具，生物丝光，Bsgenome，Go.db，Multtest和Stat包。

作者：Lihua Julie Zhu，Jianhong Ou，Jun Yu，Kai Hu，Haibo Liu，HervéPagès，Claude Gazin，Nathan Lawson，Ryan Thompson，Simon Lin，David Lapointe和Michael Green

维护者：建红欧<欧。jgail.com jaianhong>，lihua julie zhu

安装

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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	3.24.2
在生物导体中以来	BIOC 2.5（R-2.10）（11.5岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	R（> = 3.5），方法，绞喉（> = 2.13.12），Genomicranges.（> = 1.31.8），S4Vectors.（> = 0.17.25）
进口	annotationdbi.那生物根系（> = 0.1.0），生物仪器（> = 2.47.6），DBI.那dplyr.那Ensembldb.那genomeinfodb.那基因管理那基因组法那RBGL.那RSAMTOOLS.那概括分析那venndiagram.那生物雕那ggplot2.，grdevices，图形，图形，网格，凯格斯特那MatrixStats.那Multtest.那林那rtracklayer.，统计，utils
链接到
建议	bsgenome.那林马那反弹.DB.那Biocmanager.那生物焦那bsgenome.ecoli.ncbi.20080805.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那org.ce.eg.db.那org.hs.eg.db.那bsgenome.celegans.ucsc.CE10那bsgenome.drerio.ucsc.danrer7.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38那delayedarray那IDR.那Seqinr.那ensdb.hsapiens.v75.那ensdb.hsapiens.v79那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene.那go.db.那贡献那沮丧那kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那TrackViewer.那Motifstack.那Organismdbi.
系统要求
加强
URL.
取决于我	Redseq.那vulcan.
进口我	Atacseqqc.那descan2.那funcisnp.那GUIDESEQ.
建议我	chipseqdb.那R3CPET.那seqsetvis.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	chippeakanno_3.24.2.tar.gz.
Windows二进制文件	chippeakanno_3.24.2.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	chippeakanno_3.24.2.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/chippeakanno.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ chippeakanno
包短网址	https://biocumon.org/packages/chippeakanno/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包	源档案