ChIPseeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseeker

ChIPseeker的芯片峰值注释，比较，和可视化

生物导体版本:发布(3.13)

该软件包实现了检索峰附近最近的基因、标注峰的基因组区域、估计ChIP峰数据集重叠显著性的统计方法，以及纳入GEO数据库供用户比较自己的数据集与数据库中存储的数据集。这种比较可以用来推断合作调控，从而产生假设。实现了多个可视化功能，总结了峰实验的覆盖范围、与TSS区域结合的峰的平均轮廓和热图、基因组注释、与TSS的距离以及峰或基因的重叠。

作者:Guangchuang Yu，闫云[ctb]， Hervé Pagès [ctb]， Michael Kluge [ctb]， Thomas Schwarzl [ctb]，徐周耿[ctb]

维护人:Guangchuang Yu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“ChIPseeker”)

超文本标记语言	R脚本	ChIPseeker:一个用于芯片峰值注释、比较和可视化的R包
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.28.3
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,引导,enrichplot,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeatures,ggplot2,gplots、图形、grDevicesgtools、方法、plotrix,dplyr平行,magrittr,RColorBrewer,rtracklayer,S4Vectors统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,跑龙套
链接
建议	clusterProfiler,ggimage,ggplotify,ggupset,ReactomePA,org.Hs.eg.db,knitr,rmarkdown,testthat,宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/ChIPseeker
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/issues
取决于我
进口我	阿尔卑斯山脉,esATAC,profileplyr,TCGAWorkflow
建议我	curatedAdipoChIP
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPseeker_1.28.3.tar.gz
Windows二进制	ChIPseeker_1.28.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPseeker_1.28.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseeker
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPseeker
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPseeker/
包下载报告	下载数据
BioC 3.13的旧源包	源存档