Chromscape.

DOI:10.18129 / b9.bioc.chromscape

用闪亮的应用分析单细胞表观谱系数据集

Biocometiond版本:释放(3.12)

Chromscape - 用于单细胞的染色质景观分析 - 是一种用于分析单胞间表观焦元数据集(SCChip-SEQ,SCATAC-SEQ,SCCUT和TAG,SCCUT和TAG,SCCUT和TAG,SCCUT和TAG,SCCUT和TAG,SCCUT和TAG,...)的即可推出的用户友好的闪亮应用程序分析与基因集浓缩分析。它是高度互动的,使用户能够节省他们的分析并涵盖各种分析步骤:QC,预处理,过滤,批量校正,维度降低,Vizualation,聚类,差异分析和基因集分析。

作者:Pacome Prompsy [Aut,CRE],Celine vallot [aut]

维护者:Pacome Prompsy

引文(从R内,输入引文(“Chromscape”)):

安装

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if(!perceneNamespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“chromscape”)

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版本 1.0.0.
在生物导体中以来 BIOC 3.12(R-4.0)(<6个月)
执照 GPL-3
依靠 r(> = 4.0)
进口 闪亮的Colourpicker.Shinyjs.rtracklayer.Shinyfiles.ShinyHelper.Shinycssloaders.矩阵情节Shinydashboard托罗拉姆斯kableextra.viridis.batchelor.生物相投, 平行,RSAMTOOLS.ggplot2.stringFS.DT.撒尿共识RTSNE.dplyr.Tidyr.Genomicranges.绞喉IRLBA.rlist.umap.娇媚, 方法,雅思石edger.,统计,图形,grdevices,utils,S4Vectors.SinglecellexPeriment.概括分析msigdbr.
链接到
建议 testthat.knRAMAMAMDOW.生物焦
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URL. https://github.com/vallotlab/chromscape.
Bugreports. https://github.com/vallotlab/chromscape/issues.
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源包 chromscape_1.0.0.tar.gz.
Windows二进制文件 chromscape_1.0.0.zip.
Macos 10.13(高塞拉) chromscape_1.0.0.tgz.
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/chromscape
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.biocondudard.org:包装/丝景
包短网址 https://biocumon.org/packages/chromscape/
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