Coregnet

doi：10.18129/b9.bioc.coregnet

Coregnet：共同调节网络的重建和集成分析

生物导体版本：版本（3.15）

该软件包提供了识别活动转录程序的方法。提供了从转录组数据导入或推断大规模共调节网络的方法和类。编码网络的特异性是建模转录因子合作。可以集成外部监管证据（TFB，芯片，...）以评估推断的网络并在必要时进行完善。可以使用在给定样本中的影响度量来估计网络中调节剂的转录活性。最后，可以使用交互式UI在合作调节器的网络中导航，并在特定的样本或亚组样本中可视化其活动。提出的可视化工具可用于整合基因表达，转录活性，拷贝数状态，样本分类和包括共调节信息的转录网络。

作者：雷米·尼科尔（Remy Nicolle），Thibault Venzac和Mohamed Elati

维护者：雷米·尼科尔（Remy Nicolle）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ coregnet”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ coregnet”）

html	R脚本	自定义打印方法
PDF		参考手册

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.34.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（8年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 2.14），Igraph，，，，闪亮的，，，，阿鲁斯， 方法
进口
链接
建议	rcolorbrewer，，，，GPLOTS，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	coregnet_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	coregnet_1.34.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	coregnet_1.34.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coregnet
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/coregnet
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/coregnet/
软件包下载报告	下载统计