CoreGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoreGx

作为其他“Gx”包基础的类和函数

Bioconductor版本:发行版(3.15)

一个函数和类的集合，作为我们实验室的R包套件的基础，如“PharmacoGx”和“RadioGx”。创建这个包是为了从其他实验室包版本中抽象共享功能，以增加可维护性，并减少当前和未来“Gx”套件程序中的代码重复。主要功能包括一个“CoreSet”类，从它派生出了“RadioSet”和“PharmacoSet”，以及每个对应插槽的get和set方法。还包括拟合和绘制剂量响应曲线、量化统计相关性和计算曲线下面积(AUC)或生存分数(SF)等附加函数。更多细节请参见所附文档，以及:Smirnov, P.， Safikhani, Z.， El-Hachem, N.， Wang, D.， She, A.， Olsen, C.， Freeman, M.， Selby, H.， Gendoo, D.， Grossman, P.， Beck, A.， Aerts, H.， Lupien, M.， Goldenberg, A. (2015) ．Manem, V.， Labie, M.， Smirnov, P.， Kofia, V.， Freeman, M.， Koritzinksy, M.， Abazeed, M.， Haibe-Kains, B.， Bratman, S. (2018) ．

作者:Petr Smirnov [aut]， Ian Smith [aut]， Christopher Eeles [aut]， Benjamin Haibe-Kains [aut, cre]

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。实物地租在utoronto.ca >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CoreGx")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“CoreGx”)

超文本标记语言	R脚本	CoreGx:类和函数抽象
超文本标记语言	R脚本	LongTable类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	2.0.2
Bioconductor自	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),BiocGenerics，SummarizedExperiment
进口	Biobase，S4Vectors，MultiAssayExperiment，MatrixGenerics，钢琴，BiocParallel平行,BumpyMatrix，使彻底失败，方法，统计，utils，图形，grDevices，文理学院，data.table，蜡笔，胶水，rlang，板凳上
链接
建议	老鸨，减价，BiocStyle，rmarkdown，knitr，formatR，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	PharmacoGx，RadioGx，ToxicoGx
进口我	PDATK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CoreGx_2.0.2.tar.gz
Windows二进制	CoreGx_2.0.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CoreGx_2.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoreGx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CoreGx
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CoreGx/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档