DEGraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGraph

两个示例测试图

Bioconductor版本:版本(3.15)

DEGraph最近实现了假设检验方法直接评估一个特定基因网络是两个条件之间差异表达。这是与更传统的两步方法,第一个测试单个基因,然后测试基因集富集在差异表达的基因。这些最近的方法考虑网络的拓扑结构产生更强大的检测程序。DEGraph提供方法来轻松地测试所有KEGG通路的微分表达式在任何基因表达数据集和工具来可视化结果。

作者:洛朗•雅各,皮埃尔Neuvial和Sandrine Dudoit

维护人员:Laurent雅各<劳伦。雅各在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DEGraph”)

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文档

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PDF	R脚本	DEGraph:差异表达基因网络的测试
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.48.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(11.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10.0),R.utils
进口	图,KEGGgraph,晶格,mvtnorm,R.methodsS3,RBGL,Rgraphviz,rrcov,NCIgraph
链接
建议	corpcor,字段,图,KEGGgraph,晶格,marray,RBGL,rrcov,Rgraphviz,NCIgraph
SystemRequirements
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEGraph_1.48.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGraph
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEGraph
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEGraph/
包下载报告	下载数据