DEXSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEXSeq

RNA-Seq中差异外显子使用的推断

Bioconductor版本:发布(3.12)

该程序包的重点是使用不同实验设计的样本之间的RNA-seq外显子计数来发现差异外显子使用。它提供的功能允许用户根据使用负二项分布估计生物复制和广义线性模型之间的方差的模型进行必要的统计检验。该包还提供了可视化和探索结果的功能。

作者:西蒙安德斯<桑德斯在fs.tum.de>和亚历杭德罗雷耶斯<亚历杭德罗。雷耶斯。ds: gmail.com >

维护人员:Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。ds: gmail.com >

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DEXSeq")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“DEXSeq”)

超文本标记语言	R脚本	用DEXSeq包推断RNA-Seq数据中不同的外显子用法
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocParallel,Biobase,SummarizedExperiment,IRanges(> = 2.5.17),GenomicRanges(> = 1.23.7),DESeq2(> = 1.9.11),AnnotationDbi,RColorBrewer,S4Vectors(> = 0.23.18)
进口	BiocGenerics,biomaRt,hwriter、方法、stringr,Rsamtools,statmod,geneplotter,genefilter
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	IsoformSwitchAnalyzeR,rnaseqDTU
进口我	感兴趣
建议我	bambu,GenomicRanges,JctSeqData,pasilla,高伦雅芙,经验丰富的人,subSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	DEXSeq_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	DEXSeq_1.36.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DEXSeq_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEXSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEXSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DEXSeq/
包下载报告	下载数据