Dialignr

doi：10.18129/b9.bioc.dialignr

基于动态编程的MS2色谱图

生物导体版本：版本（3.15）

为了从生物样品中获得无偏的蛋白质组覆盖范围，质谱仪以数据独立获取（DIA）模式运行。这些DIA运行的对齐方式在完整的数据matrix中建立了一致性和较少的缺失值。该软件包通过基于偏差的惩罚方法实现动态编程，以进行分析的配对对齐。在此工具中实现了全局对齐（通过MS2特征）和局部对齐（带有MS2色谱图）的混合方法。

作者：Shubham Gupta [AUT，CRE]，Hannes Rost [AUT]，贾斯汀唱歌[aut]

维护者：shubham gupta

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Dialignr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ dialignr”）

html	R脚本	MS2色谱图的基于目标质谱法运行
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	2.4.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（2年）
执照	GPL-3
要看	方法，统计，R（> = 4.0）
进口	动物园（> = 1.8-3），Data.Table，，，，马格里特，，，，dplyr，，，，花花公子，，，，rlang，，，，MZR（> = 2.18），信号，，，，位64，，，，网状，，，，GGPLOT2，，，，rsqlite，，，，DBI，，，，猿，，，，Phangorn，，，，pracma，，，，rmsnumpress，，，，RCPP
链接	RCPP，，，，rcppeigen
建议	尼特，，，，阿基马，，，，格子，，，，秤，，，，栅格，，，，LatticeExtra，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，生物比较，，，，测试（> = 2.1.0）
系统要求	C ++ 14
增强
URL
BugReports	https://github.com/shubham1637/dialignr/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Dialignr_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	dialignr_2.4.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Dialignr_2.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dialignr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dialignr
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dialignr/
软件包下载报告	下载统计