DMCFB

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCFB

差异甲基化胞嘧啶通过贝叶斯功能方法

生物导体版本:发布(3.13)

DMCFB是在亚硫酸氢盐测序数据中使用贝叶斯函数回归模型识别差异甲基化胞嘧啶的管道。通过使用功能回归数据模型，它试图捕获位置特异性、群体特异性和其他协变量特异性甲基化模式，以及空间相关模式和未知的甲基化数据基础模型。对于真实的基础模型和包含的任何协变量，它是鲁棒的和灵活的，并且缺失的值是使用位置和样本之间的空间相关性计算的。该方法采用贝叶斯方法进行估计和推理。

作者:Farhad Shokoohi

维护者:Farhad Shokoohi < Shokoohi at icloud.com>

安装

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文档

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browseVignettes(“DMCFB”)

超文本标记语言	R脚本	使用贝叶斯函数回归在BS-Seq数据中识别dmc
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0),SummarizedExperiment、方法、S4Vectors，BiocParallel，GenomicRanges，IRanges
进口	跑龙套,统计数据,speedglm，质量，data.table样条函数,手臂，rtracklayer，benchmarkme，宠物猫，matrixStats，fastDummies、图形
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shokoohi/DMCFB/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DMCFB_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	DMCFB_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DMCFB_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCFB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMCFB
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMCFB/
包下载报告	下载数据