dmchmm

doi：10.18129/b9.bioc.dmchmm

使用隐藏的马尔可夫模型对甲基化的CpG进行差异化的CpG

生物导体版本：版本（3.15）

在亚硫酸盐测序数据中使用隐藏的Markov模型鉴定差异甲基化的CpG位点的管道。DNA甲基化研究使研究人员能够理解甲基化模式及其在生物过程和疾病中的调节作用。但是，仅开发了有限的统计方法来提供形式的定量分析。具体而言，一些可用的方法确实确定了差异化甲基化的CpG（DMC）位点或区域（DMR），但它们遭受的局限性主要是由于Bisulfite测序数据固有的挑战。这些挑战包括：（1）在基因组位置之间读取深度差异很大，并且通常很低；（2）随着区域的变化，甲基化和自相关模式都会发生变化；（3）CPG站点分布不均。此外，有几个方法上的局限性：几乎没有这些工具能够比较多个组和/或使用缺失值，只有少数允许连续或多个协变量。其中的最后一个是研究人员中引起的极大兴趣，因为目标通常是要找到基因组的哪些区域与几种暴露和特征有关。为了解决这些问题，我们开发了一种基于隐藏的马尔可夫模型（HMMS）的高效DMC识别方法，称为“ DMCHMM”，这是一种三步方法（模型选择，预测，测试），旨在解决上述缺陷。

作者：Farhad Shokoohi

维护者：farhad shokoohi

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ dmchmm”）

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文档

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html	R脚本	DMCHMM：使用隐藏的马尔可夫模型对甲基化的CpG进行了差异化的CpG
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细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.18.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 4.1.0），总结性特征， 方法，S4VECTORS，，，，生物比较，，，，基因组机，，，，iranges，，，，fdrtool
进口	UTIT，统计，Grdevices，rtracklayer，，，，多comp，，，，校准，图形
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/shokoohi/dmchmm/issues
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包装档案

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源包	dmchmm_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	dmchmm_1.18.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	dmchmm_1.18.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmchmm
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/dmchmm
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/dmchmm/
软件包下载报告	下载统计