DMRSCAN.

DOI：10.18129 / b9.bioc.dmrscan.

检测差异甲基化区域

Bioconductor版本：释放（3.13）

该包装通过潜在泊松启发式的扫描统计来检测显着的差异甲基化区域（对于定性和定量性状）。扫描统计数据将取决于一系列窗口大小（每个窗口内的CPG＃的＃），并且每个窗口大小的阈值。该阈值可以通过三种不同的方式计算：i）使用Siegmund et.al（2012）解决方案（优选），ii）如Zhang（2008）和III）的全部MCMC建模所暗示的重要采样，选择许多不同选项，用于在每个CPG之间建模依赖项。

作者：Christian M Page [Aut，Cre]，Linda Vos [Aut]，Trine B Rounge [CTB，DTC]，Hanne F Harbo [THS]，Bettina K Andreassen [Aut]

维护者：Christian M Page

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“dmrscan”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“DMRSCAN”）

HTML.	r script.	DMR扫描Vignette.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.14.0.
在生物导体中以来	BIOC 3.5（R-3.4）（4年）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.6.0）
进口	矩阵那大量的那rcpproll.那Genomicranges.那绞喉那Genomeinfodb.， 方法，mvtnorm.，统计，并行
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那Biocmanager.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/christpa/dmrscan.
Bugreports.	https://github.com/christpa/dmrscan/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	dmrscan_1.14.0.tar.gz.
Windows二进制文件	dmrscan_1.14.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	dmrscan_1.14.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/dmrscan.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ dmrscan
包短网址	https://biocumon.org/packages/dmrscan/
包裹下载报告	下载统计信息