DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

甲基化阵列和测序空间分析方法

Bioconductor版本:发行版(3.12)

使用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)数据从人类基因组中重新鉴定和提取差异甲基化区域(DMRs)。提供过滤可能被snp和交叉杂交混淆的探针的功能。包括GRanges生成和绘图功能。

作者:蒂姆·彼得斯

维护人员:Tim Peters

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DMRcate")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMRcate”)

PDF	R脚本	DMRcate包使用指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	2.4.1
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，minfi，SummarizedExperiment
进口	ExperimentHub，bsseq，GenomeInfoDb，limma，刨边机，DSS，missMethyl，GenomicRanges、方法、图形、plyr，Gviz，IRanges，统计，utils，S4Vectors
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	冠军，methylationArrayAnalysis
进口我
建议我	missMethyl
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMRcate_2.4.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	DMRcate_2.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRcate
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMRcate/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档