DrugVsDisease

DOI:10.18129 / B9.bioc.DrugVsDisease

用基因集合富集分析比较疾病和药物谱

生物导体版本:发布(3.12)

这个包生成分级表的差异基因表达的疾病或药物档案。输入数据可以从Array Express或GEO下载，也可以从本地的CEL文件下载。差分表达式和相关p值的排序列表使用Limma计算。浓缩分数(Subramanian等。PNAS 2005)计算到缺省药物或疾病概况的参考集，或用户提供的一组自定义数据。重要分数的网络可视化以Cytoscape格式输出。

作者:c . Pacini

维护者:j. Saez-Rodriguez

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!2 .安装BiocManager::install("DrugVsDisease")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DrugVsDisease”)

PDF	R脚本	DrugVsDisease
PDF		参考手册

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	2.32.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10),affy,limma,biomaRt,ArrayExpress,GEOquery,DrugVsDiseasedata,cMap2data,qvalue
进口	注释,hgu133a.db,hgu133a2.db,hgu133plus2.db,RUnit,BiocGenerics,xtable
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DrugVsDisease_2.32.0.tar.gz
Windows二进制	DrugVsDisease_2.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DrugVsDisease_2.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DrugVsDisease
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DrugVsDisease
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DrugVsDisease/
包下载报告	下载数据