eventPointer.

DOI：10.18129 / b9.bioc.eventpointer

使用结阵列和RNA-SEQ数据有效识别替代拼接事件的替代拼接事件

Biocometiond版本：释放（3.12）

EventPointer是一个R包，用于识别替代拼接事件，涉及简单（案例控制实验）或复杂的实验设计，例如时间课程实验和研究，包括配对样品。该算法可用于分析来自结阵列（Affymetrix阵列）或测序数据（RNA-SEQ）的数据。该软件返回数据。使用检测到的替代拼接事件：基因名称，事件类型（盒式磁带，替代3'，...等），基因组位置，含有（delta psi）的百分比统计显着性和增量（delta psi）所有活动。该算法可以生成一系列文件以在IGV中可视化检测到的替代拼接事件。这缓解了对标准PCR验证的结果和引物设计的解释。

作者：Juan Pablo Romero，Juan A. Ferrer-Bonsoms，Pablo Gracistan，Ander Muniategui，费尔南多卡拉佐，Ander Aramburu，Angel Rubio

维护者：Juan Pablo Romero

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“eventpointer”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“EVENTPOINTER”）

HTML.	r script.	eventPointer.
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.8.0
在生物导体中以来	BIOC 3.5（R-3.4）（4年）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.5.0），SGSEQ.那矩阵那概括分析
进口	基因组法那stringr.那Genomeinfodb.那iGraph.那大量的那nnls.那林马那MatrixStats.那RBGL.那PRODIM那图形，方法，utils，统计数据，多达齐全那Foreach.那Affxparser.那Genomicranges.那S4Vectors.那绞喉那QValue.那玉米棒子那RHDF5.那bsgenome.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38那生物仪器
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那运行那生物根系那dplyr.那kableextra.
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/jpromeror/eventpointer/issues.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	eventpointer_2.8.0.tar.gz.
Windows二进制文件	eventpointer_2.8.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	eventPointer_2.8.0.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/EventPointer.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ eventpointer
包短网址	https://biocumon.org/packages/EventPointer//
包裹下载报告	下载统计信息