ExCluster

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExCluster

ExCluster能够有效地检测两种条件下RNA-seq数据的差异表达外显子，每个条件下至少需要两个独立的生物复制

生物导体版本:发布(3.13)

ExCluster将ensemble bl和GENCODE GTF文件压平为GFF文件，用于计算从BAM文件中读取每个非重叠外显子bin的次数。这个读取计数是使用Rsubread包中的函数featurects来完成的。所有生物复制的文库大小被归一化，ExCluster然后比较两种不同的条件来检测显著差异拼接的基因。这个过程需要每个条件至少两个独立的生物复制，ExCluster一次只接受两个条件。ExCluster最终产生每个基因的错误发现率(FDRs)，用于检测显著性。每个显著差异剪接基因的外显子log2 fold change (log2FC)均值和方差可以绘制出来，这有助于科学家开发假设和目标差异剪接事件，用于湿实验室的RT-qPCR验证。

作者:R. Matthew Tanner, William L. Stanford, and Theodore J. Perkins

维护人员:R. Matthew Tanner

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE))安装包("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“ExCluster”)

PDF	R脚本	ExCluster装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	Rsubread，GenomicRanges，rtracklayer，matrixStats，IRanges
进口	统计，方法，grDevices，图形，utils
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进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ExCluster_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	ExCluster_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExCluster
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ExCluster
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ExCluster/
包下载报告	下载数据