盛宴

DOI:10.18129 / B9.bioc.FEAST

单细胞聚类的特征选择

Bioconductor版本:Release (3.15)

细胞聚类是单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中最重要和最常执行的任务之一。细胞聚类的一个重要步骤是选择一个基因子集(称为“特征”)，其表达模式随后将用于下游聚类。一个好的特征集应该包括区分不同细胞类型的特征，而这种特征集的质量对聚类精度有重要影响。FEAST是一个R库，用于在执行scRNA-seq聚类核心之前选择最具代表性的特征。它可以用作已建立的聚类算法(如SC3、TSCAN、SHARP、SIMLR和Seurat)的插件。FEAST算法的核心包括三个步骤:1.算法的实现;共识聚类;2.基因水平显著性推断;3. validation of an optimized feature set.

作者:苏克农[aut, cre]，吴昊[aut]

维护者:Kenong Su < Kenong。Su在emory.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“盛宴”)

超文本标记语言	R脚本	FEAST用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)，mclust，BiocParallel，SummarizedExperiment
进口	SingleCellExperiment，方法，统计，utils，irlba，TSCAN，SC3，matrixStats
链接
建议	rmarkdown，修拉，ggpubr，knitr，testthat(> = 3.0.0),BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/suke18/FEAST/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	FEAST_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	FEAST_1.4.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	FEAST_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FEAST
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FEAST
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/FEAST/
软件包下载报告	下载数据