gdcrnatools.

DOI：10.18129 / b9.bioc.gdcrnatools.

Gdcrnatools：GDC中LNCRNA，mRNA和MiRNA数据的整合分析的R / Biocumond封装

Biocometiond版本：释放（3.12）

这是一种易于使用的包装，用于在GDC中下载，组织和整合分析RNA表达数据，重点在于在癌症中解体LNCRNA-mRNA相关的Cerna调节网络。包括Spongescan，Starbase和Mircode在内的LNCRNA-miRNA相互作用的三个数据库，以及三种MIRRARBase，Starbase和MiRcode在包括Mirtarbase，Starbase和MiRcode的三个数据库，并入到Cernas网络建设中。LiMMA，Edger和Deseq2可用于鉴定差异表达的基因/ miRNA。可以基于ClusterProfiler和Do Packages执行Go，Kegg和Do的功能性浓缩分析。可以在包装中实施多基因的单变量COxph和KM生存分析。除了一些例程可视化功能，如火山绘图，条形图和KM图之外，还开发了一些简单的闪亮应用程序，以便于在本地网页上的结果可视化。

作者：瑞勇李，韩曲，石冠王，朱龙伟，乐张，仁远马，建明陆，江国朱，魏德忠，镇宇贾

维护者：ruidong li ，汉曲

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“gdcrnatools”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.10.1
在生物导体中以来	BIOC 3.7（R-3.5）（3年）
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.5.0）
进口	闪亮的那雅思石那rjson.那XML.那林马那edger.那deseq2.那ClusterProfiler.那剂量那org.hs.eg.db.那生物雕那生存那SURVMINER.那Pathview.那ggplot2.那贡献那DT.那GenomicDataComons.那生物相投
链接到
建议	kn那testthat.
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	gdcrnatools_1.10.1.tar.gz.
Windows二进制文件	gdcrnatools_1.10.1.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	gdcrnatools_1.10.1.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/gdcrnatools.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ gdcrnatools
包短网址	https://biocumon.org/packages/gdcrnatools/
包裹下载报告	下载统计信息
BIOC 3.12的旧源包	源档案