创世纪

DOI：10.18129 / b9.bioc.genesis.

结构样品中的遗传估计和推断（创世纪）：分析来自人口结构和/或相关性的样本的遗传数据的统计方法

Bioconductor版本：释放（3.13）

成因包提供了遗传分析中估计，推断和核算群体和血统结构的方法。目前的实施提供了执行PC-AIR的功能（Conomos等，2015年，Gen EPI）和PC - 相关（Conomos等，2016年，AJHG）。PC-AIR对基因组宽的SNP数据进行主成分分析，用于检测可能含有已知或隐蔽相关性的样品中的群体结构。与标准PCA不同，PC-AIR占样品中的相关性，以提供不受家庭结构不混淆的准确血统推理。PC-relate使用祖先代表性主成分来调整人口结构/祖先，准确估计最近遗传相关性，如血缘关系系数，IBD共享概率和近亲繁殖系数。另外，提供功能以对定量和二进制表型进行有效的方差分量估计和混合模型关联测试。

作者：Matthew P. Conomos，Stephanie M. Gogarten，Lisa Brown，Han Chen，Thomas Lumley，Kenneth Rice，Tamar Sofer，Adrienne Stilp，Timothy Thornton，Chaoyu Yu

维护者：斯蒂芬妮M. Gogarten

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“genesis”）

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文件

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Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.22.1.
在生物导体中以来	BIOC 3.1（R-3.2）（6年）
执照	GPL-3
依靠
进口	BioBase.那生物根系那Gwastools.那GDSFMT.那Genomicranges.那绞喉那S4Vectors.那SEQARRAY.那SEQVARTOOLS.那snprelate.那data.table.那Foreach.，图形，grdevices，iGraph.那矩阵， 方法，重塑2.，统计，utils
链接到
建议	compruadform.那Compoissonreg.那poibin那快活那民意调查那testthat.那生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那gwasdata.那dplyr.那ggplot2.那施说那rcolorbrewer.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.
系统要求
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URL.	https://github.com/uw-gac/genesis.
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源包	genesis_2.22.1.tar.gz.
Windows二进制文件	genesis_2.22.1.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	genesis_2.22.1.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/genesis.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/创世纪
包短网址	https://biocumon.org/packages/genesis/
包裹下载报告	下载统计信息
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