Bioconductor版本:Release (3.15)
NCBI基因表达综合(GEO)是最大的微阵列数据公共存储库。然而,使用现有工具查找感兴趣的数据可能具有挑战性。GEOmetadb试图使访问与示例、平台和数据集相关的元数据更加可行。这是通过将所有NCBI GEO元数据解析为一个SQLite数据库来实现的,该数据库可以在本地存储和查询。GEOmetadb只是SQLite数据库及其相关文档的一个薄包装。最后,随着新数据被添加到GEO, SQLite数据库会定期更新,并且可以随时下载最新的元数据。GEOmetadb纸:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/24/23/2798。
作者:Jack Zhu和Sean Davis
维护者:Jack Zhu
引文(从R内,输入引用(“GEOmetadb”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GEOmetadb”)
超文本标记语言 | R脚本 | GEOmetadb |
参考手册 |
biocViews | 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 |
版本 | 1.58.0 |
在Bioconductor | BioC 2.2 (R-2.7)(14年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | GEOquery,RSQLite |
进口 | |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,dplyr,tm,wordcloud |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/geo/ |
全靠我 | |
进口我 | 奥纳西斯 |
建议我 | antiProfilesData |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | GEOmetadb_1.58.0.tar.gz |
Windows二进制 | GEOmetadb_1.58.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | GEOmetadb_1.58.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOmetadb |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GEOmetadb |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GEOmetadb/ |
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