GEOquery

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOquery

获取NCBI基因表达综合系统(GEO)数据

生物导体版本:发布(3.12)

NCBI基因表达综合数据库(GEO)是一个公共的微阵列数据存储库。鉴于这种资源的丰富和多样的性质，想要将BioConductor工具应用于这些数据是很自然的。GEOquery是GEO和BioConductor之间的桥梁。

作者:Sean Davis

维护者:Sean Davis

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GEOquery”)

超文本标记语言	R脚本	使用GEOquery
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	2.58.0
Bioconductor自	BioC 1.8 (R-2.3)(15年)
许可证	GPL-2
取决于	方法,Biobase
进口	httr,readr(> = 1.3.1),xml2,dplyr,tidyr,magrittr,limma
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocGenerics,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/seandavi/GEOquery
BugReports	https://github.com/seandavi/GEOquery/issues/new
取决于我	DrugVsDisease,dyebiasexamples,GEOmetadb,GSE62944,扫描。通用产品
进口我	BeadArrayUseCases,bigmelon,ChIPXpress,coexnet,crossmeta,天哪,GAPGOM,MACPET,minfi,MoonlightR,phantasus,重新计票,SRAdb
建议我	气道,antiProfilesData,AUCell,ctsGE,dearseq,debCAM,diffcoexp,dyebias,肘,EpiDISH,fgsea,GCSscore,GeneExpressionSignature,multiClust,MultiDataSet,muscData,omicsPrint,parathyroidSE,pathprint,PCAtools,PGSEA,prostateCancerCamcap,prostateCancerGrasso,prostateCancerStockholm,prostateCancerTaylor,prostateCancerVarambally,RegEnrich,RegParallel,RGSEA,Rnits,runibic,skewr,spatialHeatmap,TargetScore,zFPKM
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GEOquery_2.58.0.tar.gz
Windows二进制	GEOquery_2.58.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GEOquery_2.58.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOquery
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GEOquery
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GEOquery/
包下载报告	下载数据