GOfuncR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOfuncR

利用FUNC富集基因本体

Bioconductor版本:发行版(3.13)

GOfuncR基于本体富集软件FUNC进行基因本体富集分析。go注释从organizmdb或OrgDb包('Homo。智人的默认情况下);GO-graph包含在工具包中，并定期更新(2020年3月23日)。GOfuncR提供了使用超几何检验的标准候选与背景富集分析，以及其他三种检验:(i)用于对基因进行排序的Wilcoxon秩和检验，(ii)用于与两种计数相关的基因的二项检验，以及(iii)用于与四种计数相关的基因的卡方检验或Fisher确切检验。为了纠正多重检测和检测的相互依赖性，基于基因相关变量的随机排列计算家族方面的错误率。GOfuncR还提供了用于探索本体图和注释的工具，以及考虑基因长度或基因空间聚类的选项。还可以提供自定义基因坐标、注释和本体。

作者:·斯格罗特

维护者:Steffi Grote < Grote。施特菲·gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GOfuncR")

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文档

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browseVignettes(“GOfuncR”)

超文本标记语言	R脚本	介绍GOfuncR
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文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),vioplot(> = 0.2)
进口	Rcpp(> = 0.11.5),mapplots(> = 1.5),gtools(> = 3.5.0),GenomicRanges(> = 1.28.4),IRanges，AnnotationDbi， utils, grDevices，图形，统计
链接	Rcpp
建议	Homo.sapiens，BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	ABAEnrichment
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GOfuncR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	GOfuncR_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GOfuncR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOfuncR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GOfuncR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GOfuncR/
包下载报告	下载数据