GSVA

doi：10.18129/b9.bioc.gsva

微阵列和RNA-seq数据的基因集变异分析

生物导体版本：版本（3.12）

基因集变异分析（GSVA）是一种非参数，无监督的方法，用于通过表达数据集的样品估计基因集富集的变化。GSVA对坐标系进行了更改，将数据从样品矩阵通过样品矩阵转换为基因集，从而允许评估每个样品的途径富集。GSVA富集的新矩阵得分有助于采用标准分析方法，例如功能富集，生存分析，聚类，CNV-Pathway分析或以途径为中心的方式进行跨组织分析。

作者：Justin Guinney [Aut，Cre]，Robert Castelo [AUT]，Alexey Sergushichev [CTB]，Pablo Sebastian Rodriguez [CTB]

维护者：贾斯汀·吉尼（Justin Guinney）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ gsva”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ GSVA”）

PDF	R脚本	基因集变异分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.38.0
在生物导体中	Bioc 2.8（R-2.13）（10年）
执照	GPL（> = 2）
要看	R（> = 3.5.0）
进口	方法，统计，utils，图形，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，生物酶，，，，总结性特征，，，，gseabase， 平行，生物比较，，，，FastMatch
链接
建议	运行，，，，林玛，，，，rcolorbrewer，，，，GeneFilter，，，，EDGER，，，，GSVADATA，，，，闪亮的，，，，有光泽的人，，，，GGPLOT2，，，，Data.Table，，，，情节
系统要求
增强
URL	https://github.com/rcastelo/gsva
BugReports	https://github.com/rcastelo/gsva/issues
取决于我	Sispa
进口我	共识，，，，Egsea，，，，逃脱，，，，OPPAR，，，，Singlecelltk，，，，tbsignatureprofiler，，，，tnbc.cms
建议我	McBiclust
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	GSVA_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	gsva_1.38.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	GSVA_1.38.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gsva
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/gsva
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/gsva/
软件包下载报告	下载统计