Bioconductor版本:版本(3.13)
多线程的发现直接或间接目标转录因子使用ChIP-chip或ChIP-seq,和微阵列或RNA-seq基因表达数据。输入一组基因的潜在目标一个特遣部队ChIP-chip或ChIP-seq和基因表达的结果,GeneNetworkBuilder生成一个特遣部队的监管网络。
作者:Jianhong Ou,叫海波Liu海蒂Tissenbaum和丽华朱莉朱
维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >
从内部引用(R,回车引用(“GeneNetworkBuilder”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GeneNetworkBuilder”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GeneNetworkBuilder”)
HTML | R脚本 | GeneNetworkBuilder装饰图案 |
HTML | R脚本 | 从基因的列表生成网络 |
HTML | R脚本 | 处理BioGRID时,字符串 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 |
版本 | 1.34.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(8.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 2.15.1),Rcpp(> = 0.9.13) |
进口 | plyr,图,htmlwidgets,Rgraphviz,rjson,XML、方法、grDevices、统计数据、图形 |
链接 | Rcpp |
建议 | RUnit,BiocGenerics,RBGL,knitr,simpIntLists,闪亮的,STRINGdb,BiocStyle,魔法,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | GeneNetworkBuilder_1.34.0.tar.gz |
Windows二进制 | GeneNetworkBuilder_1.34.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | GeneNetworkBuilder_1.34.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneNetworkBuilder |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneNetworkBuilder |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/GeneNetworkBuilder/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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