GenomicAlignments

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicAlignments

短基因组比对的表征和操作

生物导体版本:发布(3.12)

提供存储和操作短基因组比对的高效容器(通常通过将短读序列与参考基因组比对而获得)。这包括读取计数，计算覆盖范围，连接检测，以及处理比对的核苷酸含量。

作者:Hervé Pagès, Valerie Obenchain, Martin Morgan

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("GenomicAlignments")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicAlignments”)

PDF	R脚本	基因组比对软件包简介
PDF	R脚本	使用summarizeOverlaps进行读取计数
PDF	R脚本	重叠编码
PDF	R脚本	用对齐的核苷酸工作
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		YouTube
视频		YouTube

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb(> = 1.13.1),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.9.13),Biostrings(> = 2.55.7),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口	方法,跑龙套,统计数据,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,BiocParallel
链接	S4Vectors,IRanges
建议	ShortRead,rtracklayer,BSgenome,GenomicFeatures,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,pasillaBamSubset,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,DESeq2,刨边机,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicAlignments
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomicAlignments/issues
取决于我	AllelicImbalance,alpineData,Basic4Cseq,BasicSTARRseq,嵌合体,ChIPexoQual,groHMM,HelloRanges,hiReadsProcessor,igvR,ORFik,prebs,收回,rnaSeqMap,SCATEData,测序,ShortRead,SplicingGraphs
进口我	高山,AneuFinder,APAlyzer,ASpediaFI,ASpli,ATACseqQC,BaalChIP,bambu,biovizBase,breakpointR,BRGenomics,CAGEfightR,篮球选手,chimeraviz,ChIPpeakAnno,ChIPQC,chromstaR,cn,consensusDE,contiBAIT,文案,CoverageView,CrispRVariants,CSSQ,customProDB,DAMEfinder,DegNorm,derfinder,DEScan2,DiffBind,easyRNASeq,exomePeak2,FourCSeq,弗雷泽,FunChIP,gcapc,GenoGAM,genomation,GenomicFiles,ggbio,gmapR,gmoviz,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,HTSeqGenie,icetea,ima,检查,感兴趣,leeBamViews,MACPET,MADSEQ,联合化疗,metagene,metagene2,metaseqR2,methylPipe,马赛克,msgbsR,NADfinder,图片,plyranges,婴儿车,高伦雅芙,QuasR,ramwas,Rcade,Repitools,RiboProfiling,ribosomeProfilingQC,RNAmodR,RNAprobR,咆哮,Rqc,rtracklayer,SCATE,颈背,seqplots,seqsetvis,SGSeq,soGGi,SplicingGraphs,分裂,srnadiff,strandCheckR,TAPseq,TarSeqQC,TCseq,trackViewer,transcriptR,TSRchitect,Ularcirc,UMI4Cats,vasp,VplotR
建议我	alpineData,amplican,BiocParallel,csaw,计,GenomeInfoDb,GenomicDataCommons,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,NanoporeRNASeq,parathyroidSE,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,Rsamtools,similaRpeak,彩带,systemPipeR
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicAlignments_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicAlignments_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicAlignments
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicAlignments
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicAlignments/
包下载报告	下载数据