GenomicInteractionNodes

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractionNodes

R/Bioconductor包用于从HiC/HiChIP/HiCAR数据中检测相互作用节点

Bioconductor版本:发行版(3.15)

genomic icinteractionnodes包可以从bedpe文件导入交互并定义交互节点，即具有多个交互循环的基因组交互站点。相互作用节点是调控一个或多个基因的结合平台。检测到的交互节点将被注释以用于下游验证。

作者:欧建宏[aut, cre]，刁雅芮[fnd]

维护者:Jianhong Ou < Jianhong。或者在duke.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome icinteractionnodes ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GenomicInteractionNodes”)

超文本标记语言	R脚本	GenomicInteractionNodes装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1．0．0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	文件许可证
取决于	R(>= 4.2.0)，统计
进口	AnnotationDbi，图，GO.db，GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomeInfoDb、方法、IRanges，RBGL，S4Vectors
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，rtracklayer，testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jianhong/GenomicInteractionNodes
BugReports	https://github.com/jianhong/GenomicInteractionNodes/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GenomicInteractionNodes_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicInteractionNodes_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GenomicInteractionNodes_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractionNodes
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicInteractionNodes
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicInteractionNodes/
包下载报告	下载数据