伊洛格

doi：10.18129/b9.bioc.iloreg

Iloreg：从SCRNA-SEQ数据中识别高分辨率细胞种群的工具

生物导体版本：版本（3.15）

Iloreg是从SCRNA-SEQ数据中识别细胞群体的工具。特别是，Iloreg对于找到具有细微转录组差异的细胞群很有用。该方法利用一种自我监督的学习方法，称为迭代聚类投影（ICP）来查找群集概率，这些概率在PCA之前用于降低噪声以及随后的层次结构群集和T-SNE步骤。此外，还提供了差异表达分析的功能，以找到人群的基因标记和基因表达可视化。

作者：Johannes Smolander [CRE，AUT]，Sini Junttila [aut]，Mikko sVenäläinen[aut]，Laura L Elo [aut]

维护者：johannes smolander

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ iloreg”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ iloreg”）

html	R脚本	Iloreg包装手册
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0.0）
进口	矩阵， 平行，foreach，，，，Aricode，，，，liblinear，，，，Sparsem，，，，GGPLOT2，，，，牛仔图，，，，rspectra，，，，UMAP，，，，RTSNE，，，，快速积分，，，，贵族，，，，簇，，，，Dendextend，，，，desctools，，，，plyr，，，，秤，，，，pheatmap，，，，RESHAPE2，，，，dplyr，，，，Dorng，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，S4VECTORS，方法，统计，Dosnow，UTILS
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/elolab/iloreg
BugReports	https://github.com/elolab/iloreg/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	iloreg_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	iLoreg_1.6.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Iloreg_1.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iloreg
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/iloreg
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/iloreg/
软件包下载报告	下载统计