IRISFGM

DOI:10.18129 / B9.bioc.IRISFGM

基于单细胞RNA-Seq的基因交互网络综合分析

Bioconductor版本:发行版(3.15)

单细胞RNA-Seq数据有助于发现癌症和其他复杂疾病中特定细胞群的细胞异质性和特征基因。具体而言，功能基因模块(FGM)的研究有助于理解基因交互网络和复杂的生物过程。从scRNA-Seq数据中，QUBIC2被认为是最高效和最有效的FGM识别工具之一。然而，它的可用性仅限于C实现，而且它的应用能力仅受少数下游分析功能的影响。我们开发了一个名为IRIS-FGM(功能基因模块分析综合scRNA-Seq解释系统)的R包，以支持使用scRNA-Seq数据对FGMs和细胞聚类的研究。在QUBIC2的作用下，IRIS-FGM可以识别共表达和共调控的FGMs，预测类型/聚类，识别差异表达基因，并进行功能富集分析。值得注意的是，IRIS-FGM还应用了Seurat对象，可以很容易地在Seurat小插图中使用。

作者:常禹洲[aut, cre]，马秦[aut]，卡特·艾伦[aut]，钟东军[aut]

维护者:Yuzhou Chang < Yuzhou。常在osumc.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“IRISFGM”)

超文本标记语言	R脚本	IRIS-FGM装饰图案
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细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1)
进口	Rcpp(> = 1.0.0),制程，anocva，彩色，RColorBrewer，色彩，AnnotationDbi，ggplot2，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，pheatmap，AdaptGauss，DEsingle，DrImpute，矩阵，修拉，SingleCellExperiment，clusterProfiler，ggpubr，ggraph，igraph，mixtools，嘘，食物，统计，方法，grDevices，图形，utils，knitr
链接	Rcpp
建议	rmarkdown
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进口我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	IRISFGM_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	IRISFGM_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	IRISFGM_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IRISFGM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IRISFGM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/IRISFGM/
包下载报告	下载数据