绞喉

DOI：10.18129 / b9.bioc.iranges.

生物导体中整数范围操纵的基础

Biocometiond版本：释放（3.12）

提供高效的低级和高度可重复使用的S4类，用于存储，操纵和聚合整数的注释范围。实现范围操作的代数，包括用于查找重叠和最近邻居的有效算法。定义有效的列表类似的类，用于存储，转换和聚合大型分组数据，即原子向量和DataFrame的集合。

作者：H.Pagès，P.Aboyoun和M. Lawrence

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PDF.	r script.	讽刺包的概述
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文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.24.1.
在生物导体中以来	BIOC 2.3（R-2.8）（12岁）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 4.0.0），方法，UTI，统计数据，生物根系（> = 0.36.0），S4Vectors.（> = 0.27.12）
进口	统计数据4.
链接到	S4Vectors.
建议	xvector.那Genomicranges.那RSAMTOOLS.那基因管理那基因组法那bsgenome.celegans.ucsc.CE2.那Pasillabamsubset.那运行那生物焦
系统要求
加强
URL.	https://biocumon.org/packages/iranges.
Bugreports.	https://github.com/bioconductor/iranges/issues.
取决于我	annotationdbi.那annotationhubdata.那baalchip.那Bambu.那Biomvrcns.那生物仪器那Biseq.那bsgenome.那Bubbletree.那Bumphunter.那咖啡店那卡斯珀那Cexor.那Chimeraviz那浮雕那Chippeakanno.那chipseq.那法典那共识那CSAR.那CSSQ.那Customprodb.那Deepsnv.那delayedarray那deseq2.那Dexseq.那DirichletMultinomial.那DMCFB.那DMCHMM那dmrcaller.那Epigenomix.那表演那外套那exoMecopy.那FCCAC.那funcisnp.data.那generxcluster.那Genomeinfodb.那基因管理那基因组法那Genomicranges.那GROHMM那Gtrellis.那GVIZ.那哈巴普那Helloranges.那hit那德国兹那划那Liebermanaidenhic2009那甲烷分析那motifdb.那Nadfinder.那orfik.那otubase.那pd.ag.那pd.aragene.1.0.st.那pd.aragene.1.1.st.st.那pd.ath1.121501.那PD.Barley1.那pd.bovgene.1.0.st.st.那pd.bovgene.1.1.st.st.st.那Pd.bovine.那pd.bsubtilis.那pd.cangeene.1.0.st.st.那pd.cangeene.1.1.st.st.那Pd.Canine.那pd.canine.2那pd.celegans.那pd.chicken.那pd.chigene.1.0.st那pd.chigene.1.1.st.st.那pd.chogene.2.0.st.那pd.chogene.2.1.st那Pd.Citrus.那pd.clariom.d.human.那pd.clariom.s.human.那pd.clariom.s.human.ht.那pd.clariom.s.mouse.那pd.clariom.s.mouse.ht.那pd.clariom.s.rat.那pd.clariom.s.rat.ht.那PD.COTTON.那pd.cyngene.1.0.st.st.那pd.cyngene.1.1.st.st.那Pd.cygene.1.0.st.那Pd.cygene.1.1.st.st.那pd.cytogenetics.Array.那pd.drogene.1.0.st.st.那pd.drogene.1.1.st.st.那pd.drosgenome1.那pd.drosophila.2那pd.e.coli.2.那pd.ecoli.那pd.ecoli.asv2.那pd.elegene.1.0.st那pd.elegene.1.1.st.st.st.那pd.equgene.1.0.st.st.那pd.equgeNe.1.1.st.st.那pd.felgene.1.0.st.那pd.felgene.1.1.st.st.st.那Pd.fingene.1.0.st.st.那pd.fingene.1.1.1.st.st.那pd.genomewidesnp.5.那pd.genomewidesnp.6.那pd.guigene.1.0.st.那pd.guigene.1.1.st.st.那pd.hc.g110那pd.hg.focus.那pd.hg.u133.plus.2那pd.hg.u133a.那pd.hg.u133a.2那pd.hg.u133a.tag.那pd.hg.u133b.那pd.hg.u219.那pd.hg.u95a.那pd.hg.u95av2.那pd.hg.u95b.那pd.hg.u95c.那pd.hg.u95d.那pd.hg.u95e.那pd.hg18.60mer.expr.那pd.ht.hg.u133.plus.pm.那pd.ht.hg.u133a.那pd.ht.mg.430A那pd.hta.2.0.那pd.hu6800.那pd.huex.1.0.st.v2.那pd.hugene.1.0.st.v1那pd.hugene.1.1.st.v1那pd.hugene.2.0.st.那pd.hugene.2.1.st.st.那pd.maize.那pd.mapping250k.nsp.nsp.那pd.mapping250k.sty.那pd.mapping50k.hind240那pd.mapping50k.xba240那pd.margene.1.0.st.st.那pd.margene.1.1.st.st.那Pd.Medgene.1.0.st.那PD.Medgene.1.1.st.st.那Pd.Medicago.那pd.mg.u74a.那pd.mg.u74av2.那pd.mg.u74b.那pd.mg.u74bv2.那pd.mg.u74c.那pd.mg.u74cv2.那pd.mirna.1.0那pd.mirna.2.0那pd.mirna.3.0.那pd.mirna.4.0.那pd.moe430a.那pd.moe430b.那pd.moex.1.0.st.v1那pd.mogene.1.0.st.v1那pd.mogene.1.1.st.v1那pd.mogene.2.0.st.那pd.mogene.2.1.st.st.那pd.mouse430.2那pd.mouse430a.2那pd.mta.1.0.那pd.mu11ksuba.那pd.mu11ksubb.那pd.nugo.hs1a520180.那pd.nugo.mm1a520177那pd.ovigene.1.0.st.st.那pd.ovigene.1.1.st.st.st.那pd.pae.g1a.那pd.plasmodium.anopheles.那pd.poplar.那pd.portcine.那pd.porgene.1.0.st.st.那Pd.porgene.1.1.st.st.那pd.rabgene.1.0.st那pd.rabgene.1.1.st.st.那pd.rae230a.那pd.rae230b.那pd.raex.1.0.st.v1.那pd.ragene.1.0.st.v1那pd.ragene.1.1.st.v1那pd.ragene.2.0.st.那pd.ragene.2.1.st.st.那pd.rat230.2那pd.rcngene.1.0.st.st.那pd.rcngene.1.1.st.st.st.那pd.rg.u34a.那pd.rg.u34b.那pd.rg.u34c.那pd.rhegene.1.0.st.st.那pd.rhegene.1.1.st.st.那PD.RESUS那pd.rice.那pd.rjpgene.1.0.st.st.那pd.rjpgene.1.1.st.st.那pd.rn.u34.那pd.rta.1.0.那pd.rusgene.1.0.st.st.那pd.rusgene.1.1.st.st.那pd.s.aureus.那Pd.soybean.那Pd.soygene.1.0.st.st.那pd.soygene.1.1.st.st.那pd.sugar.cane.那pd.tomato.那pd.u133.x3p.那pd.vitis.vinifera.那pd.kwheat.那pd.x.laevis.2那pd.x.tropicalis.那pd.xenopus.laevis.那pd.yest.2.那pd.yg.s98那pd.zebgene.1.0.st.st.那pd.zebgene.1.1.st.st.st.那pd.czebrafish.那百事可乐那季节性ddna.那PGA.那普利兰语那验证那Psicquic.那repviz.那RFPRED.那RGADEM.那r那rjmcmcncnucosomes.那ramodr.那scale4c.那范围那SCSR.那SGSEQ.那Sictools.那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608.那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那structstrings.那TEQC.那拖拉器那扭转那Varianttools.那vplotr.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那xvector.
进口我	aldex2.那等位基因矛纪那高寒那扩增人那Anufinder.那annmap.那annotatr.那嗯那ArrayExpresshts.那arraytv.那aspediafi.那Aspli.那评估员那Atacseqqc.那舞会礼服那Bamsignals.那Basicstarrseq.那Bbcanalyzer.那Beadarray.那Bioconcotk.那Biovizbase.那Biseq.那比特查那BNBC.那BPRMeth.那Branchpointer.那断点那Brgenomics.那bsgenome.那BSSeq.那BumHmm.那海滩那CageFightr.那蛋糕那cbioportaldata.那cgdv17.那收费那别致那ChipanAlyser.那Chipenrich.那chipenrich.data.那chipexoqual.那chipqc.那ChipSeeker.那chipseq.那chipseqr.那chipseqspike.那Chipsim那ChromheatMap.那Chromscape.那铬星座那ChromSchitch.那Chromvar.那西塞罗那Cindex.那Circrnaprofiler.那Cleanupdtseq.那切尔弗那cn.mops.那克那cnvfilter.那CNVPanelizer.那cnvranger.那CNVRD2.那可可那彗星那COMPETOOLS.那ComplexHeatMap.那cont那骗子那CopyNumber.那CopyNumberplots.那撰稿人那CoverageView.那Crispseek.那Crisprvariants.那CSAW.那达达2那DAMEFINDER.那司布那德布雷斯勒那解码那degnorm.那delayedmatrixstats那deltacapturec那德内捷德那derfinderhelper.那derfinderplot那descan2.那困惑那Diffhic.那差异那dmrcate.那DMRSCAN.那DMRSEQ.那多米诺骨牌效应那dpeak.那德里姆瑟克那easyrnaseq.那edaseq.那Eisar.那埃尔默那enmix.那enroichedheatmap.那enrichtf.那EnsembldB.那EPITXDB.那Epivizr.那Epivizrdata.那erma.那esatac.那eventPointer.那exoMepeak2.那FASTQCLEANER.那快速那FcScan.那Filterffpe.那findmyfriends.那fitcons.ucsc.hg19.那弗雷泽那funcisnp.那Ga4ghclient.那GCAPC.那GenBankr.那基因测定那GenegeneInter那创世纪那Genestructuretools.那genogam.那基因组那GenomeIntervals.那基因管理那GenomicDataComons.那基因组夫妇那基因组互动那基因组唑.那基因组织那基因组那基因组那Genoset.那GenotyPeeval.那Genvisr.那GGBase.那GGBIO.那GGTools.那Girafe.那GMAPR.那Gmoviz那Gofuncr.那GoPro.那哥特那GPART.那gqtlstats.那GUIDESEQ.那Gwascat那H5VC那HDF5Array.那暖步那Hicbricks.那hiccompare.那希伯特科那htseqgenie.那冰茶那理想的那IDR2D.那IMAS.那inpas.那检查那incansv.那互动那兴趣那潮流器那IPDDB.那IsoformSwitchAnalyzer.那Isomirs.那IVAS.那iwtomics.那JunctionSeq.那Karyploter.那Leebamviews.那萝拉那宏伟那Madseq.那mafdb.1kgenomes.phase1.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5.那mafdb.1kgenomes.phase3.grch38.那mafdb.1kgenomes.phase3.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.grch38.那mafdb.exac.r1.0.hs37d5.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.grch38.那mafdb.exac.r1.0.nontcga.hs37d5.那mafdb.gnomad.r2.1.grch38.那mafdb.gnomad.r2.1.hs37d5.那mafdb.gnomad.r3.0.grch38.那mafdb.gnomadex.r2.1.grch38.那mafdb.gnomadex.r2.1.hs37d5.那mafdb.topmed.freeze5.hg19.那mafdb.topmed.freeze5.hg38.那mafh5.gnomad.r3.0.grch38.那蒙越者那Matrixrider.那McSea.那MDTS.那一顿饭那冰雹那比赛那Metagene2.那METASEQR2.那Methcp.那meth那MethiLheritsim.那methreg.那methrix.那甲基那甲烷分析那Methylcc.那甲基术那Methylkit.那甲基皮脂那Methylseekr.那methylseqdata.那甲基氏那弥撒那Methyvim.那Minfi.那最小值那米拉那MissMethyl.那mmapp2.那modstrings.那马赛克那mosim那MotifBreakr.那motifmatchr.那图案那Mousefm.那MSA.那msgbsr.那msnbase.那MultiAsaySayexperiment.那多atAdataset.那Musicatk.那mutationalpatterns.那ringerpeaks.那ncrnatools.那netdx.那诺斯那诺考那Nucleosim.那核核酸那oligoclasses.那omadb.那omicspca.那OpenProper.那有机族那Organismdbi.那探险者那Packfinder.那Panelcn.mops.那PCAExplorer.那pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1.那pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter.那pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter.那pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter.那pd.atdschip.tiling.那pd.charm.hg18.example.那pd.feinberg.hg18.me.hx1.那pd.feinberg.mm8.me.hx1.那pd.mirna.3.1.那pdinfobuilder.那Phastcons100way.ucsc.hg19.那phastcons100way.ucsc.hg38那Phastcons7way.ucsc.hg38.那PI.那图片那p那紫红色那Podkat.那聚酯纤维那pqsfinder.那摇篮那预先那预先进程那PrecisionTrialDrawer.那妊娠期那Proactiv.那profflewlactiple.那pur那PVIZ.那QDNASEQ.那qfeatures.那QPGraph..那QPlexAnalyzer.那QSEA.那Quasr.那R3CPET.那r3cseq.那r453plus1toolbox.那raggedexperiment.那Rarevariantvis.那r那rcade.那RCA.那rcgh.那叙事那Redseq.那林那Regutools.那重新那repitools.那ReportingTools.那rfarm.那riboprofiling那Riboseqr.那RibosomeProfiling QC那RIPAT.那rnaeditr.那rnamodr.allanilineseq.那rnamodr.ml.那rnamodr.Ribomethseq.那rnaprobr.那rnaseqmap.那rnbeads.那怒吼那rqc.那RSAMTOOLS.那rsvsim那rtn.那rtracklayer.那吓人那scan.upc.那Scanvis.那Schot.那Semmentseq.那SEQARRAY.那SEQCAT.那seqpattern.那seqplots.那seqsetvis.那SEQSQC那SEQVARTOOLS.那芝麻那塞塞伦那缩短那签收那辛染那屏那snapcount.那斯文那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608.那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38.那Soggi.那SomaticCencealterations那Somaticsignatures.那Sparsesignatures.那spatiallibd.那光谱那Spicyr.那拼接照片那碎片那Srnadiff.那斯坦那Strandcheckr.那概括分析那synextend.那Systempiper.那Tapseq.那目标那tarseqqc.那tcgabiolinks.那tcgautils.那Tcseq.那TFBStools.那tfea.chip.那TFHAZ.那Titancna.那TNT.那Tracktables.那TrackViewer.那经纪人那rissview.那TRNA.那trnadbimport.那Trnascanimport.那TSCR.那Tsrchitect那TVTB.那tximeta.那txreginfra.那umi4cats.那奥尼润那uposencymotif那香草那VariantAnnotation.那variantexperiment.那变型滤波器那漩涡那波兰人那Wiggleplotr.那XCIR.那XCMS.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那xvector.那山姆斯
建议我	注释那annotationhub.那BaseSpacer.那生物根系那芝加哥那classifyr.那Epivizrchart.那光明那gqtlbase.那Gwascat那Gwastools.那希尔伯塔维斯那希尔伯特维斯瓜那马蒂尼鸡尾酒那幻影那多射线那RegionReport.那RTCGA.那S4Vectors.那Sigspack.那泼溅那StrafturalVariantAnnotation.那tfutils.那YeaStrnaseq.
链接给我	生物仪器那克那解码那degnorm.那基因管理那Genomicranges.那烤肉串那Matrixrider.那RSAMTOOLS.那rtracklayer.那缩短那structstrings.那扭转那VariantAnnotation.那变型滤波器那xvector.
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Macos 10.13（高塞拉）	讽刺_2.24.1.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/iranges.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/讽刺
包短网址	https://biocumon.org/packages/iranges/
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